Публикации

2019

Статья  Stegailov V.Dlinnova E., Ismagilov T., Khalilov M.Kondratyuk N., Makagon D., Semenov A., Simonov A., Smirnov G.Timofeev A. Angara interconnect makes GPU-based Desmos supercomputer an efficient tool for molecular dynamics calculations // International Journal of High Performance Computing Applications. 2019. Vol. 33. No. 3. P. 507-521.  doi

Статья  Тимофеев А.В., Николаев В.С.Влияние параметров тлеющего разряда на среднее межчастичное расстояние в плазменно-пылевых структурах в диапазоне температур от криогенных до комнатной // Журнал экспериментальной и теоретической физики. 2019. Т. 155. № 2. С. 356-370doi

Статья  Ostroumova G.M., Orekhov N.D., Stegailov V.V. Reactive molecular-dynamics study of onion-like carbon nanoparticle formation // Diamond and Related Materials. 2019. (accepted)

Статья  Stegailov V., Smirnov G., Vecher V. VASP hits the memory wall: Processors efficiency comparison // Concurrency and Computation: Practice and Experience. 2019. doi

Статья  Kondratyuk N., Smirnov G., Stegailov V. Hybrid Codes for Atomistic Simulations on the Desmos Supercomputer: GPU-acceleration, Scalability and Parallel I/O  // Communications in Computer and Information Science. 2019. 965. P. 218-229. doi

Статья  Stegailov V., Timofeev A. Deploying Elbrus VLIW CPU Ecosystem for Materials Science Calculations: Performance and Problems // Communications in Computer and Information Science. 2019. 965. P. 543-553. doi

Статья  Maity, L., Y. Minenkov, Cavallo J. Evaluation of Experimental Alkali Metal Ion — Ligand Noncovalent Bond Strengths with DLPNO-CCSD(T) Method//Chem. Phys., 2019, 151, 014301 (DOI: 10.1063/1.5099580)

Статья  I. Minenkova, V. V. Sliznev, L. Cavallo , Y. Minenkov. Gas Phase Silver Thermochemistry from First Principles//Inorg. Chem., 2019, 58, 7873 — 7885 (DOI: 10.1021/acs.inorgchem.9b00556)

Статья  Chawla, Y. Minenkov, K. B. Vu, R. Oliva, L. Cavallo. Structural and Energetic Impact of Non‐natural 7‐Deaza‐8‐Azaguanine, 7‐Deaza‐8‐Azaisoguanine and their 7‐Substituted Derivatives on H‐bonding Pairing with Cytosine and Isocytosine //ChemBioChem, 2019, accepted, (DOI: 10.1002/cbic.201900245)

Статья  Della Sala, M. Sicignano, R. Schettini, L. Sica, G. Pierri, F. De Riccardis, I. Izzo, B. Maity, Y. Minenkov, L. Cavallo. Unprecedented Diastereoselective Arylogous Michael Addition of Unactivated Phthalides //Chem. Eur. J. 2019, 25, 1 – 12 (DOI: 10.1002/chem.201900168)

Статья  I. Sharapa, A. Genaev, L. Cavallo, Y. Minenkov. A Robust and Cost-Efficient Scheme for Accurate Conformational Energies of Organic Molecules //ChemPhysChem, 2019, 20, 92 – 102 (DOI: 10.1002/cphc.201801063)

2018

Глава книги  Stegailov V., Timofeev A. Deploying Elbrus VLIW CPU ecosystem for materials science calculations: performance and problems, in: Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва). М. : МГУ, 2018. P. 149-159. doi

Глава книги Stegailov V., Agarkov A., Biryukov S., Ismagilov T., Kondratyuk N.Khalilov M., Kushtanov E., Makagon D., Mukosey A., Semenov A., Simonov A., Timofeev A.Vecher V. Early evaluation of the hybrid cluster with torus interconnect aimed at cost-effective molecular-dynamics simulations, in: Parallel Processing and Applied Mathematics. 12th International Conference, PPAM 2017, Lublin, Poland, September 10-13, 2017, Revised Selected Papers, Part II, Vol. 10778: 12th International Conference, PPAM 2017, Lublin, Poland, September 10-13, 2017, Revised Selected Papers, Part II. Cham, Switzerland : Springer, 2018. doi P. 81-90. doi

Статья  Nikolskiy V., Stegailov V. Graphics-processing-unit-accelerated finite-difference time-domain simulation of the interaction between ultrashort laser pulses and metal nanoparticles // Journal of Physics: Conference Series. 2018.  946. No. 012011. P. 1-4. doi

Глава книги  Кондратюк Н., Смирнов Г. , Длиннова Е. , Стегайлов В. , Бирюков С. Гибридный суперкомпьютер Десмос с интеграцией Torus Angara: анализ и оптимизация эффективности , в: Коммуникации в области вычислительной техники и информатики . 910: Параллельные вычислительные технологии. Springer International Publishing, 2018.   doi P. 77-91. doi

Статья  Stegailov V., Timofeev A., Дергунов Д. О. Performance of Elbrus Processors for Computational Materials Science Codes and Fast Fourier Transform // Communications in Computer and Information Science. 2018.  910. P. 92-103.doi

Статья  Smirnov G., Pisarev V., Stegailov V. Pseudopotential for ab initio calculations of uranium compounds // Journal of Physics: Conference Series. 2018.  946. P. 012095-1-012095-7. doi

Статья  Кондратюк Н., Норман Г. , Стегайлов В. Квантовые ядерные эффекты в воде с использованием молекулярной динамики центроидов  // Физика. Серия конференций . 2018. Vol. 946. № 012109. С. 1-7 doi 

Статья  L. Quéméner, S. Barman, N. Merle, M. A. Aljuhani, M. K. Samantaray, Y. Saih, K. C. Szeto, A. D. Mallmann,Y. Minenkov, K.-W. Huang, L. Cavallo, Mostafa Taoufik, Jean-Marie Basset ACS Catal., Metathetic Oxidation of 2-Butenes to Acetaldehyde by Molecular Oxygen Using the Single-Site Olefin Metathesis Catalyst (≡SiO)2Mo(═O)2.   2018, 8, 7549–7555 (DOI: 10.1021/acscatal.8b01767)

Статья  Y. Minenkov, D. I. Sharapa, L. Cavallo J. Application of Semiempirical Methods to Transition Metal Complexes: Fast Results but Hard-to-Predict Accuracy. Chem. Theor. Comput., 2018, 14, 3428–3439 (DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00018)

Статья  Timofeev A., Nikolaev V. S. Dependence of average inter-particle distance upon the temperature of neutrals in dusty plasma crystals // Journal of Physics: Conference Series. Vol. 946. No. 012146. P. 1-8. doi

Статья  Семенов В. П., Тимофеев А. В. Параметрический резонанс и перенос энергии в пылевой плазме // Математическое моделирование. 2018. Т. 30. № 2. С. 3-17. doi

Статья  Saitov I.Norman G., Sartan R. Metastable States of Warm Dense Hydrogen / Пер. с рус. // Doklady Physics. 2018. Vol. 63. No. 8. P. 313-316. doi

Статья  Norman G.Saitov I. Molecules ionization at phase transition in warm dense hydrogen // Journal of Physics: Conference Series. 2018. Vol. 946. No. 012121 doi

Статья  Norman G.Saitov I. Plasma phase transition in warm dense hydrogen // Contributions to Plasma Physics. 2018. Vol. 58. No. 2-3. P. 122-127. doi

Статья  Saitov I.Norman G. The Mechanism of the Transition of Solid Hydrogen to the Conducting State at High Pressures / Пер. с рус. // Doklady Physics. 2018. Vol. 63. No. 7. P. 272-275. doi

2017

Глава книги  Stegailov V., Vecher V. Efficiency Analysis of Intel and AMD x86_64 Architectures for Ab Initio Calculations: A Case Study of VASP, in: Communications in Computer and Information Science Book 793: Supercomputing. Switzerland : Springer, 2017.doi   430-441. doi

Статья  Smirnov Grigory, Stegailov Vladimir. Pseudopotential for electronic structure calculations of uranium compounds // Lobachevskii Journal of Mathematics. 2017.  38. No. 5. P. 974-977. doi

Статья  Samoilov I. S., Baev V. P., Timofeev A., Amirov R. K., Kirillin A. V., Nikolaev V. S., Bedran Z. V. Dusty plasma in a glow discharge in helium in temperature range of 5–300 K / Пер. с рус. // Journal of Experimental and Theoretical Physics. 2017. Vol. 124. No. 3. P. 496-504. doi

Глава книги  Халилов М. Р., Тимофеев А. В. Оптимизация работы MPI-программ с учётом особенностей топологии кластеров, использующих коммуникационную сеть Ангара // В кн.: Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (25-26 сентября 2017 г., г. Москва). М. : Издательство МГУ, 2017. С. 641-649. doi

Статья  Тимофеев А. В., Николаев В. С., Амиров Р. Х. Пылевая плазма в тлеющем разряде гелия в диапазоне температур 5-300 К // Журнал экспериментальной и теоретической физики. 2017. Т. 151. № 3. С. 582-591. doi

Статья  Norman G.Saitov I., Sartan R. A. Metastable states of warm dense hydrogen // Interfacial Phenomena and Heat Transfer. 2017. Vol. 5. No. 3. P. 165-171.  doi

Статья  Норман Г. Э.Саитов И. М. Ионизация молекул при фазовом переходе флюид-флюид в разогретом плотном водороде // Доклады Академии Наук. Физика. 2017. Т. 474. № 5. С. 553-557. doi

Статья  Норман Г. Э.Саитов И. М. Критическая точка и механизм фазового перехода флюид-флюид в разогретом плотном водороде. // Доклады Академии Наук. Физика. 2017. Т. 474. № 6. С. 687-691. doi

2016

Глава книги  Norman G., Pisarev V., Smirnov G., Stegailov V. Atomistic Modeling and Simulation for Solving Gas Extraction Problems, in: Molecular Modeling and Simulation. Applications and Perspectives. Singapore : Springer, 2016.   doi P. 137-151. doi

Глава книги  Norman G., Pisarev V., Smirnov G., Stegailov V. Atomistic Modeling and Simulation for Solving Gas Extraction Problems, in: Foundations of Molecular Modeling and Simulation: Select Papers from FOMMS 2015. Singapore : Springer, 2016.  doi Ch. 9. P. 137-151. doi

Глава книги  Nikolskiy V., Stegailov V., Vecher V. Efficiency of the Tegra K1 and X1 systems-on-chip for classical molecular dynamics, in: 2016 International Conference on High Performance Computing and Simulation, HPCS 2016. Нью-Йорк : IEEE Computer Society, 2016. P. 682-689. doi

Статья  Nikolskiy V., Stegailov V. Floating-point performance of ARM cores and their efficiency in classical molecular dynamics // Journal of Physics: Conference Series. 2016.  681. No. 012049. P. 1-6. doi

Глава книги  Vecher V., Nikolskiy V., Stegailov V. GPU-accelerated molecular dynamics: Energy consumption and performance, in:  RuSCDays 2016. Communications in Computer and Information Science. Revised Selected Papers. Vol. 687. Springer, 2016. P. 27-40. doi

Статья  Кондратюк Н., Норман Г. , Стегайлов В. Микроскопические механизмы диффузии высших алканов / Пер. с рус. // Polymer Science — Серия А . 2016. Vol. 58. № 5. С. 825-836. doi

Глава книги  Nikolskiy V., Vecher V., Stegailov V. Performance of MD-Algorithms on hybrid systems-on-chip Nvidia Tegra K1 & X1, in:  RuSCDays 2016. Communications in Computer and Information Science. Revised Selected Papers. Vol. 687. Springer, 2016. P. 199-211.  doi

Статья Kondratyuk N.Norman G., Stegailov V. Rheology of liquid n-triacontane: Molecular dynamics simulation // Journal of Physics: Conference Series. 2016. Vol. 774. No. 012039. P. 1-9. doi

Статья Kondratyuk N.Norman G.Stegailov V. Self-consistent molecular dynamics calculation of diffusion in higher n-alkanes // The Journal of Chemical Physics. 2016. Vol. 145. No. 204504. P. 204504-1-204504-9. doi

Статья  Orekhov N., Stegailov V. Simulation of the Adhesion Properties of the Polyethylene/Carbon Nanotube Interface / Пер. с рус. // Polymer Science — Series A. 2016.  58. No. 3. P. 476-486. doi

Статья  Stegailov V., Zhilyaev P. Warm dense gold: effective ion–ion interaction and ionisation // Molecular Physics. 2016.  114. No. 3-4. P. 509-518. doi

Статья  Кондратюк Н. Д., Норман Г. Э., Стегайлов В. В. Микроскопические механизмы диффузии высших алканов // Высокомолекулярные соединения. Серия А. 2016. Т. 58. № 5. С. 519-531. doi

Статья  Смирнов Г. С., Стегайлов В.В. Эффективность алгоритмов классической молекулярной динамики на суперкомпьютерном аппаратном обеспечении // Математическое моделирование. 2016. Т. 28. № 5. С. 95-108. doi

Статья  Norman G., Timofeev A. Dusty plasma as a unique object of plasma physics // Journal of Physics: Conference Series. Vol. 774. No. 012170. P. 1-8. doi

Статья  Timofeev A., Semyonov V. Energy transfer between degrees of freedom of a dusty plasma system // Journal of Physics: Conference Series. Vol. 774. No. 012171. P. 1-5.  doi

Статья  V.P. Semyonov, A. V. Timofeev Resonance regions of extended Mathieu equation // Journal of Physics: Conference Series. Vol. 681. No. 012025. P. 1-6.  doi

Статья  Timofeev Alexey Vladimirovich, Николаев В. С. Screening length in dusty plasma crystals // Journal of Physics: Conference Series. 2016. Vol. 774. No. 012172. P. 1-6. doi

Статья  Тимофеев А. В., Морозов А. А. Эффективность параллельной реализации алгоритма Radix-4 быстрого преобразования Фурье // Наноструктуры. Математическая физика и моделирование. 2016. Т. 14. № 1. С. 69-82. doi

Статья  Norman G.Saitov I. Brewster angle and reflectivity of optically nonuniform dense plasmas // Physical Review E — Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 2016. Vol. 94. No. 043202. P. 043202-1-043202-8. doi

Статья  Saitov I. Density functional theory for dielectric properties of warm dense matter // Molecular Physics. 2016. Vol. 114. No. 3-4. P. 446-452. doi

Статья  Norman G.Saitov I. Fluid–fluid–solid triple point on melting curves at high temperatures // Journal of Physics: Conference Series. 2016. Vol. 774. No. 012015. P. 1-8. doi

2015

Статья  Norman G., Saitov I., Stegailov V., Zhilyaev P. A. Ab initio calculation of shocked xenon reflectivity // Physical Review E — Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 2015.  91. No. 023105. P. 1-10. doi

Статья  Veshchunov M., Boldyrev A., Kuznetsov A., Ozrin V., Seryi M., Shestak V., Tarasov V., Norman G.E., Kuksin A., Pisarev V.V., Smirnova D., Starikov S., Stegailov V., Yanilkin A. Development of the advanced mechanistic fuel performance and safety code using the multi-scale approach // Nuclear Engineering and Design. 2015.  295. P. 116-126. doi

Статья  Norman G., Saitov I., Stegailov V. First-principles calculation of the reflectance of shock-compressed xenon // Journal of Experimental and Theoretical Physics. 2015.  120. No. 5. P. 894-904. doi

Статья  Orekhov N. D., Stegailov V. Graphite melting: Atomistic kinetics bridges theory and experiment // Carbon. 2015. Vol. 87. P. 358-364. doi

Статья  Stegailov V., Orekhov N., Smirnov G. HPC Hardware Efficiency for Quantum and Classical Molecular Dynamics // Lecture Notes in Computer Science. 2015.  9251. P. 469-473. doi

Глава книги  Orekhov N. D., Stegailov V. Molecular–Dynamics Based Insights into the Problem of Graphite Melting, in: Computational Materials and Biological Sciences. [б.и.], 2015. doi 

Глава книги  Smirnov G., Stegailov V. Phase diagrams of gas hydrates: molecular simulation studies, in: Computational Materials and Biological Sciences. [б.и.], 2015. P. 175-185.

Статья  Norman G., Saitov I., Stegailov V. Plasma-Plasma and Liquid-Liquid First-Order Phase Transitions // Contributions to Plasma Physics. 2015.  55. No. 2-3. P. 215-221.  doi

Статья  Stegailov V., Zhilyaev P. A. Pressure in electronically excited warm dense metals // Contributions to Plasma Physics. 2015.  55. No. 2-3. P. 164-171. doi 

Статья  Кондратюк Н., Ланкин А., Норман Г. , Стегайлов В. Релаксационные и транспортные свойства жидкого n-триаконтана  // Физика. Серия конференций . 2015. Vol. 653. № 012107. С. 1-9.

Статья  Смирнов Г. С., Стегайлов В. В. Аномальная диффузия молекул-гостей в водородных газовых гидратах // Теплофизика высоких температур. 2015. Т. 53. № 6. С. 872-880. doi 

Статья  Норман Г. Э., Саитов И. М., Стегайлов В. В. Расчет коэффициента отражения ударно сжатого ксенона из первых принципов // Журнал экспериментальной и теоретической физики. 2015. Т. 147. № 5. С. 1032-1044. doi

Статья  Никольский В. П., Стегайлов В. В. Эффективность процессоров архитектуры ARM для расчетов классической молекулярной динамики // Вычислительные методы и программирование. 2015. Т. 16. С. 578-585. doi 

Статья  V. P. Semyonov, A. V. Timofeev. The parametric resonance features for theory of energy transfer in dusty plasma // Journal of Physics: Conference Series. 2015. Vol. 653. No. 012138. P. 1-7. doi

Статья  Timofeev A. Time of relaxation in dusty plasma model // Journal of Physics: Conference Series. 2015. Vol. 653. No. 012137. P. 1-6. doi

2014

Статья  Orekhov N., Stegailov V. Molecular dynamics simulation of graphite melting / Пер. с рус. // High Temperature. 2014 Vol. 52. No. 2. P. 199-205. (в печати) doi

Статья  Тимофеев А. В., Морозов И. В., Стегайлов В. В., Норман Г. Э., Куксин А. Ю., Ланкин А. В., Орехов Н. Д., Писарев В. В., Смирнов Г. С., Стариков С. В. ЗАЧЕМ и КАКИЕ нужны суперкомпьютеры эксафлопсного класса? Предсказательное моделирование свойств и многомасштабных процессов в материаловедении // Программные системы: теория и приложения. 2014. Т. 5. № 1. С. 191-244. doi

Статья  Стегайлов В. В., Норман Г. Э. Проблемы развития суперкомпьютерной отрасли в России: взгляд пользователя высокопроизводительных систем // Программные системы: теория и приложения. 2014. Т. 5. № 1. С. 111-152. doi

2013

Статья  Smirnova D., Kuksin A., Starikov S., Stegailov V., Insepov Z., Rest J., Yacout A. A ternary EAM interatomic potential for U–Mo alloys with xenon // Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering. 2013 Vol. 21. No. 035011. P. 1-24. doi

Статья  Zhilyaev P., Norman G., Stegailov V. Ab initio calculations of thermal conductivity of metals with hot electrons / Пер. с рус. // Doklady Physics. 2013 Vol. 58. No. 8. P. 334-338. doi

Статья  Kuksin A., Rokhmanenkov A., Stegailov V. Atomic positions and diffusion paths of H and He in the α-Ti lattice / Пер. с рус. // Physics of the Solid State. 2013 Vol. 55. No. 2. P. 367-372. doi 

Статья  Norman G., Saitov I., Stegailov V., Zhilyaev P. Atomistic modelling and simulation of warm dense matter. Conductivity and reflectivity // Contributions to Plasma Physics. 2013 Vol. 53. No. 4-5. P. 300-310. doi 

Статья  Norman G., Stegailov V. Stochastic theory of the classical molecular dynamics method / Пер. с рус. // Mathematical Models and Computer Simulations.  2013 Vol. 5. No. 4. P. 305-333. doi 

Статья  Smirnov G., Stegailov V. Toward determination of the new hydrogen hydrate clathrate structures // The Journal of Physical Chemistry Letters.  2013 Vol. 3. No. 21. P. 3560-3564. doi

2012

Статья  Тимофеев А. В., Норман Г. Э. Применение понятия «температура» для описания динамики пылевых частиц в плазме газового разряда // Доклады Академии наук. 2012. Т. 446. № 4. С. 393-397. doi

Статья  Norman G., Starikov S., Stegailov V. Atomistic simulation of laser ablation of gold: effect of pressure relaxation / Пер. с рус. // Journal of Experimental and Theoretical Physics. 2012 Vol. 114. No. 5. P. 792-800. doi 

Статья  Insepov Z., Rest J., Yacout A., Kuksin A., Norman G., Stegailov V., Starikov S., Yanilkin A. Derivation of kinetic coefficients by atomistic methods for studying defect behavior in Mo // Journal of Nuclear Materials. 2012 Vol. 425. P. 41-47. doi

Статья  Smirnova D., Starikov S., Stegailov V. Interatomic potential for uranium in a wide range of pressures and temperatures // Journal of Physics: Condensed Matter.  2012  Vol. 24. No. 015702. P. 1-8. doi 

Статья  Smirnov G., Stegailov V. Melting and superheating of sI methane hydrate: Molecular dynamics study // The Journal of Chemical Physics.  2012 Vol. 136. No. 044523. P. 1-5. doi

Статья  Norman G., Starikov S., Stegailov V., Fortov V., Skobelev I., Pikuz T., Faenov A., Tamotsu S., Kato Y., Ishino M., Tanaka M., Hasegawa N., Nishikino M., Ohba T., Kaihori T., Ochi Y., Imazono T., Fukuda Y., Kando M., Kawachi T. Nanomodification of gold surface by picosecond soft x-ray laser pulse // Journal of Applied Physics.  2012  Vol. 112. No. 013104. P. 1-8. doi

2011

Статья  Timofeev A., Norman G. E. Kinetic energy of a monolayer of dust particles in gas discharge plasma // Ukrainian Journal of Physics.  2011  Vol. 56. No. 12. P. 1299-1303. doi

Статья  Timofeev A., Norman G. E. Kinetic temperature of dust particle motion in gas-discharge plasma // Physical Review E — Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics.  2011  Vol. 84. No. 056401. P. 1-13. doi 

Статья  Тимофеев А. В., Норман Г. Э., Стегайлов В. В. Аномальная кинетическая энергия системы пылевых частиц в плазме газового разряда // Журнал экспериментальной и теоретической физики. 2011. Т. 140. № 5. С. 1017-1032. doi